01.第一批中央指定的书记、校长职务由中央管理的副部级大学（13所,1992年）

北京大学

清华大学

(资料图片)

中国农业大学

中国人民大学

北京师范大学

北京理工大学

北京航空航天大学

哈尔滨工业大学

中国科学技术大学

复旦大学

上海交通大学

西安交通大学

西北工业大学

02.第二批增列的副部级大学（7所,2000年）

浙江大学

南京大学

中山大学

南开大学

武汉大学

四川大学

天津大学

03.第三批增列的副部级大学（11所,2003年12月）

中南大学

华中科技大学

山东大学

厦门大学

同济大学

西北农林科技大学

大连理工大学

吉林大学

重庆大学

东南大学

兰州大学